菲律宾航空公司和主要外国航空公司均辟有菲律宾到世界主要国家、地区和城市的航线。菲律宾航空公司和中国南方航空公司每周有马尼拉与中国厦门之间的航班。在有联程机票的情况下,必须在飞机起飞之前72小时,以电话通知航空公司,以确认搭机。北京至马尼拉,经停香港、参考票价人民币2500-3500元左右(视出发点而定)。南方航空公司每周5班由广州飞往马尼拉,经停厦门,参考票价,单程2770元,往返4330元。

马尼拉国际机场位于马尼拉市南郊,距市中心约10公里。由机场到市区有大巴士行驶。 由机场到市中心的主要饭店搭乘计程车约需50-60比索。机场海关旁边的菲律宾中央银行24小时营业, 提供兑币服务。大厅出口处旁,有菲律宾政府观光局的机场服务中心,提供饭店预订服务。出境时, 须付300比索的机场税。

以马尼拉为起点,分南北两条线路。北线延伸到圣费尔南多,可在中途换车去碧瑶。南线延伸至黎牙实比,中途可见马容火山。座位分三个等级,有卧铺车厢。

各大城市都有巴士、计程车、三轮车等交通工具。城市之间也有长途巴士。有许多民营巴士公司经营南北巴士路线。短途或市内有美式吉普车(Jeepney)。

马尼拉市和宿雾市等主要岛屿之间皆有游船往来。

穿梭在菲律宾大街小巷的交通工具是一种当地人称为「吉普尼」的花车,乃是由美、日进口的吉普车改装而成。花车前的银马摆饰,源自于传统马匹代表力量及行动的意思,尔后乃有戏称,吉普车前有几匹马,表示车主有几个老婆,流传至今便成为一种民俗艺饰了。